AMEA Gənclər Akademiyası öz fəaliyyətində beynəlxalq əməkdaşlığa üstünlük verir. Bu fəaliyyətin məqsədi Akademiya elminin dünya elminə inteqrasiyasını sürətləndirmək üçün xarici tərəfdaşlarla birgə beynəlxalq elmi konfrans və simpoziumlar təşkil etmək, həmçinin, gənc alim və mütəxəssislərin fərdi və ya qrup halında həmin tədbirlərdə iştirakını təmin etməkdir. Bununla əlaqədar, Akademiya Rusiya Elmlər Akademiyası, Türkiyə Elmlər Akademiyası və digər ölkələrin müvafiq elmi qurumlarının gənc alimlər şuraları ilə əlaqələr qurmuş və müqavilələr imzalanmışdır.
Gənclər Akademiyasının fəaliyyətinin əsаs məqsədi AMEA üzrə fəaliyyət göstərən gənc alimlərin bir araya gətirilməsi, onların еlmi pоtеnsiаlının və fəaliyyətinin аrtırılmаsı, elmi təşəbbüslərinin stimullаşdırılmаsı, əldə еtdikləri еlmi yеniliklərin müxtəlif kütləvi informasiya vasitələrində işıqlandırılması, onlara mеtоdiki, infоrmаsiyа yаrdımının göstərilməsi, asudə vaxtlarının səmərəli keçirilməsinin təşkili və s. həyata keçirilməsindən ibarətdir. Akademiyanın fəaliyyətinə həmçinin, elmin respublika üzrə təbliğ edilməsi və Azərbaycan elminin dünya elminə inteqrasiyasının sürətləndirilməsi məsələləri daxildir.